反病毒、反黑客软件的反应速度远没有木马出现的速度快，通常情况下都是木马已经悄悄地出现许久，这些厂商才会有反应，如果在这段时间你中了木马又该怎样清除呢？如果自己懂得手工查杀木马的方法就可以应付自如了。
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一、关于木马
木马，其实质只是一个网络客户/服务程序。网络客户/服务模式的原理是一台主机提供服务(服务器)，另一台主机接受服务(客户机)。作为服务器的主机一般会打开一个默认的端口并进行监听 (Listen), 如果有客户机向服务器的这一端口提出连接请求(Connect Request), 服务器上的相应程序就会自动运行，来应答客户机的请求，这个程序称为守护进程。就我们前面所讲的木马来说，被控制端相当于一台服务器，控制端则相当于一台客户机，被控制端为控制端提供服务。
二、发现木马
由于木马是基于远程控制的程序，因此中木马的机器会开有特定的端口。一般一台个人用的系统在开机后最多只有137、138、139三个端口。若上网冲浪会有其他端口，这是本机与网上主机通讯时打开的，IE一般会打开连续的端口:1025，1026，1027……，QQ会打开4000、4001……等端口。
在DOS命令行下用netstat -na命令可以看到本机所有打开的端口。如果发现除了以上所说的端口外，还有其他端口被占用（特别是木马常用端口被占用），那可要好好查查了，你很有可能“中彩”了！比方说木马“冰河”所占用的端口是7626，黑洞2001所占用的端口是2001，网络公牛用的是234444端口……如果发现这些端口被占用了，基本上就可以判定: 你中木马了！
三、查找木马
首先要使你的系统能显示隐藏文件，因为一些木马文件属性是隐藏的。
多数木马都会把自身复制到系统目录下并加入启动项（如果不复制到系统目录下则很容易被发现，不加入启动项在重启后木马就不执行了），启动项一般都是加在注册表中的，具体位置在：
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion 下所有以“run”开头的键值;
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion 下所有以“run”开头的键值;
HKEY_USERS\.Default\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion下所有以“Run”开头的键值。
如木马冰河的启动键值是:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
@="C:\\WINDOWS\\SYSTEM\\KERNEL32.EXE"
广外女生1.51版的启动键值是:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices]
"Diagnostic Configuration"="C:\\WINDOWS\\SYSTEM\\DIAGCFG.EXE"
蓝色火焰0.5的启动键值是:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
"Network Services"="C:\\WINDOWS\\SYSTEM\\tasksvc.exe"
不过，也有一些木马不在这些地方加载，它们躲在下面这些地方:
①在Win.ini中启动
在Win.ini的[windows]字段中有启动命令“load=”和“run=”，在一般情况下“＝”后面是空白的，如果有后跟程序，比方说是这个样子:
run=c:\windows\file.exe
load=c:\windows\file.exe
要小心了，这个file.exe很可能是木马。
②在System.ini中启动
System.ini位于Windows的安装目录下，其[boot]字段的shell=Explorer.exe 是木马喜欢的隐蔽加载之所，木马通常的做法是将该句变为这样:shell=Explorer. exe window.exe，注意这里的window.exe就是木马程序。
